Năm 1624, Lý Quát (李适, 이괄) cho rằng mình đã không được đối xử và ưu đãi xứng với công lao, trong khi những người khác được ban thưởng và thăng quan tước, còn ông thì lại bị điều lên phía Bắc Bình Nhưỡng để ngăn chặn sự bành trường của người Mãn Châu nên nổi dậy chống lại, sử gọi là Lý Quát chi loạn (李适之亂). Lý Quát chỉ huy 12 nghìn quân, trong đó bao gồm 100 lính Nhật Bản (những người đã đào ngũ sang Triều Tiên trong chiến tranh Triều Tiên-Nhật Bản) tiến đánh Hán Thành. Trong trận Jeotan, Lý Quát đã đánh bại quân đội triều đình dưới sự chỉ huy của tướng Trương Văn (張晩; Jang Man), và bao vây Hán Thành. Vua Nhân Tổ phải bỏ chạy đến Công Châu. Kinh đô Hán Thành rơi vào tay quân phản loạn.

Ngày 11 tháng 2 năm đó, Lý Quát suy tôn Hưng An quân (興安君) làm vua mới. Tuy nhiên, tướng Trương Văn đã nhanh chóng phản công với một đội quân khác và tiêu diệt lực lượng của Lý Quát. Chẳng bao lâu, quân đội Triều Tiên tái chiếm lại kinh đô, còn Lý Quát thì bị giết bởi chính binh sĩ của mình; cuộc nổi loạn kết thúc.

Mặc dù Nhân Tổ đã giữ vững được ngôi vị, song cuộc nổi loạn cho thấy quyền lực của nhà vua đã suy yếu và rơi dần vào tay của tầng lớp quý tộc, những người đã tìm được chỗ đứng lớn hơn do có công chống lại cuộc nổi loạn. Ngoài ra, nền kinh tế được khôi phục yếu ớt từ thời Quang Hải Quân đã bị hủy hoại thêm lần nữa và nền kinh tế này sẽ còn yếu đuối trong một thời gian nữa.